1966年2月22日,经国务院批准,设立万山特区隶属铜仁地区。1968年9月24日,贵州省革命委员会批准,撤销万山特区,建立万山镇,直属铜仁地区。1970年8月8日,国务院批准,恢复万山特区。仍属铜仁地区。
2011年11月,国务院批复同意撤销铜仁地区设立地级铜仁市,设立万山区。
2013年5月,撤销万山区茶店镇建制,设置茶店街道。
2016年,铜仁市人民政府对万山区谢桥街道行政区划调整作出正式批复,同意将万山区谢桥街道析置出仁山街道。仁山街道辖原谢桥街道的唐家寨社区、楚溪社区、挞扒洞村20个村(居)民小组,国土面积26.63平方千米,仁山街道驻唐家寨社区。谢桥街道辖原谢桥街道的四个社区(谢桥社区、冲广坪社区、城南驿社区、石竹社区)三个村(龙门坳、瓦屋坪、牙溪),国土面积71.5平方公里,谢桥街道驻地不变。
2019年,成立丹都街道办事处。辖区总面积41.68平方千米,辖挞楚溪社区,挞扒洞社区,旗屯,大坡村和5个易地扶贫搬迁小区。
截至2023年,万山区辖区有丹都街道、仁山街道、谢桥街道、茶店街道、万山镇、大坪侗族土家族苗族乡、鱼塘侗族苗族乡、黄道侗族乡、高楼坪侗族乡、敖寨侗族乡、下溪侗族乡,共4个街道、1个镇、6个乡。